В раннем Христианстве существовали традиции, которые часто были локализованы и почитались определенной апостольской личностью. Консервативные христиане того времени чтили Матфея, Марка, Лука, Иоанна, Павла, Иакова, Петра в большей степени и, в меньшей степени, Иуду. Отцы Церкви 3-го и 4-го веков одобрили этих апостолов, потому что они увидели, что благословение и присутствие Святого Духа более подробно раскрывалось в их трудах, и истина в них соответствовала учению Иса Масих. Считалось, что Томас находился в Сирии. Письма, связанные с «преданиями Фомы», потеряли популярность во время формирования канонизации Библии в 4-м веке. «Евангелие от Фомы», «Книга Фомы противника» и «Деяния Фомы» имеют различное происхождение. Эти книги продвигаются гностиками – термин, производный от греческого языка, означающий «знание». В первых девятнадцати веках гностики считались еретическими учителями, но в двадцатом веке гностицизм был преобразован в тех, кто обладает «тайным знанием». Обычно гностики традиционно не верили в существование сверхъестественного мира и стремились определить все через логику. Дуализм обычно является характерной чертой гностического мышления. Дуализм – это теология, которая ставит одну концепцию над другой. Например, духовный принцип зла против материального мира или философия против материи. «Евангелие от Фомы», обнаруженное полвека назад в египетской пустыне и предположительно датируемое 130–250 гг. н.э., обычно рассматривается как подделка позднего второго или третьего века, созданная гностиками, чтобы продвинуть их взгляд на Иса Масиха. Это «евангелие» начинается с приглашения читателя послушать скрытые слова Иисуса, которые Дидимас Иуда Фома записал и сказал: «Кто найдет значения этих слов, не вкусит смерти». Для гностиков, которые отвергают сверхъестествнный мир, эта смерть должна означать физтчеескую смерть. Нет и единого гностика, который был бы все еще жив с первого и второго века, поэтому это заявление кажется ошибочным. Учиеля «Евангелия от Фомы» назвали свою книгу «Пятым Евангелием», пытаясь повысить его статус. Последователи учения «Нью Эйдж» (New Age) придали этому «евангелию» большое значение, для того, чтобы увести людей от истинного учения Иса Масиха , удостоверенного в четырех Евангелиях от Матфея, Марка, Луки и Иоанна, и ввести в заблуждение о том, что существует мистическое переживание общения с Исой, которое является секретом, и только некоторые могут его постигнуть. Иса пришел для того, чтобы сделать «хорошую новость» о Царстве Бога доступной для всех людей, и поэтому секретное евангелие, о котором знают лишь особенные является не соотвествующим главному учению Исы о благодати и прощении Бога для всег человечества, не зависимо от расы и пола.
Исламский лидеры, такие как нне покойный Ахмед Дидат из Центра Распространения Ислама в Южной Африке причинили много вреда пытаясь дискредитировать Библию, используя этот сомнительный материал. Аргумент в пользу «Евангелия от Фомы» не заслуживает доверия. Он вводит людей в заблуждение и уводит людей от Верного Пути. Евангелие от Фомы не упоминается ни в Коране, ни в Хадисе.
Исламские ученые обще цитируют, что содержание Корана в суре 5 Аль Маида аяте 110 об Исе, когда Он делает птицу из глины, и дохнув на нее, дает ей улететь, пришло от «Евангелия от Фомы». На самом деле, эта цитата происходит из другой книги, приписываемой Фоме, которая называется «Младенческое Евангелие от Фомы», где в 1 главе стихах 2-4 говорится: «Затем, взяв мягкую глину из грязи, он слепил 12 воробьев. […] но Иисус хлопая в ладош, повелел птицам криком на виду у всех и сказал: «Идите, летите, и помните меня, живущие». Аргументом того, что эта история достоверна, является то, что доказательство божественности Иса Масиха в том, что Он делает то же самое, что и Бог/Аллах в своем творении, когда в пыль и глину вдыхает жизнь, чтобы создать живое существо. Иса сказал в Иоанна 10 стихе 30: «Я и Отец (имея в виду Бога/Аллаха) одно». Если эта история об Исе является истинной, тогда она является свидетельством Его единства с Отцом и свидетельством Его божественности. Однако Библейские ученые и теологи не считают этот документ аутентичным, так как оно не согласуется с каноническими четырьмя евангелиями, известными как Инджил.